Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya, pelaksanaan, pengkoordinasian, pemantauan, dan penilaian kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di UIN Sunan Ampel dilakukan oleh Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat yang selanjutnya disebut LP2M. Sesuai dengan Ortaker UIN Sunan Ampel Surabaya, LP2M memiliki beberapa pusat, yaitu:

  1. Pusat Penelitian dan penerbitan;
  2. Pusat Pengabdian kepada Masyarakat; dan
  3. Pusat Studi Gender dan Anak